其中組織染色有多種不同的方法和應用，常見的組織染色方法包括：
H&E染色：
這最常用於臨床診斷和組織學研究的基本染色方法，蘇木素 (Hematoxylin, H)可以使細胞中的細胞核著色成藍紫色。伊紅 (Eosin, E)可以將大多數細胞的細胞質染成紅色。在上述兩種試劑的作用下可使組織的輪廓變得益於判讀。
免疫組織化學染色：
這種方法使用抗體標記特定蛋白質，以觀察生物組織中的特定分子或細胞結構。它在癌症診斷和生物醫學研究中特別有用。
特殊化學染色：
使用特殊的染料或化學試劑來標記特定的組織或細胞成分進而達到觀察的目的，例如借助蘇丹紅與脂質的結合產生粉紅色
原位雜交試驗：
在組織上以核酸探針(probe)來標定目標組織中的特定核酸片段。相較於免疫組織染色用於分析蛋白質，原位雜交試驗 (ISH)則是用來分析組織中核酸的分佈。該實驗的使用時機可在缺乏專一性抗體時或是探討蛋白質轉譯前的其核酸的表現狀態。
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