1. 陽性細胞數量相關參數分析
① 陽性細胞比率 = 陽性細胞數/細胞總數。反映同類型陽性細胞的多少，適用於細胞類型較單一的情況。例如：腫瘤組織中與增殖相關的 ki67, PCNA 等陽性腫瘤細胞佔腫瘤總細胞數量的比率。
② 陽性細胞密度 = 陽性細胞數/待測組織面積。反映單位面積內陽性細胞數量，多用於評價某類細胞在組織中的分布和數量情況。如腫瘤微環境 CD3, CD4, CD8 等陽性淋巴細胞的分布和數量。
③ 陽性強度（螢光信號的灰度值），各陽性點顏色深淺的平均值：反映陽性信號的平均深淺，用陽性深淺評價陽性強弱，數值越大說明螢光信號亮度越亮。適用於陽性成片且廣泛表達的情況。
2. 共定位陽性細胞數量相關參數分析（可分析每兩個指標的共定位，也可以分析多個指標的共定位）
首先分別測量分析出每個指標的陽性細胞比率，陽性細胞密度，陽性強度參數，進而計算出需共定位分析相關參數。
① 共定位陽性細胞比率 = 共定位細胞數量/細胞總數；
② 共定位細胞密度 = 共定位細胞數量/組織面積；
③ 指標 1 共定位陽性細胞比率 = 共定位細胞數量/指標 1 陽性細胞總數，表示指標 1 陽性細胞中與指標 2 有共定位的細胞比率；
④ 指標 2 中共定位陽性細胞比率 = 共定位細胞數量/指標 2 陽性細胞總數，表示指標 2 陽性細胞中與指標 1 有共定位的細胞比率。
