1. 陽性細胞比率 = 陽性細胞數/細胞總數。反映同類型陽性細胞的多少，適用於細胞類型較單一的情況。例如：腫瘤組織中與增殖相關的 ki67、PCNA 等陽性腫瘤細胞佔腫瘤總細胞數量的比率。
2. H-score：即 Histochemistry score（組織化學評分）的縮寫，是處理免疫組化的一種組織學評分方法，將每張切片內陽性細胞比率及其染色強度轉化為相應的數值，達到對組織免疫染色陽性深淺和陽性多少兩方面進行綜合半定量分析的目的。H-Score（∑ (pi × i)）= (percentage of weak intensity cells ×1)+(percentage of moderate intensity cells ×2)+(percentage of strong intensity cells ×3)，式中 i 表示陽性細胞等級劃分：陰性無著色，計 0 分；弱陽性淡黃色，計 1 分；中度陽性棕黃色，計 2 分；強陽性棕褐色計 3 分。pi 表示相應等級的陽性細胞百分比。H-score 為 0-300 之間的數值，數值越大說明陽性深淺和陽性多少兩方面綜合陽性強度越強。適用範圍最為廣泛。
3. IRS = SI（陽性強度） × PP（陽性細胞比率）。SI 可分為 3 級，0 級無陽性著色，1 級淡黃色弱陽性，2 級棕黃色中度陽性，3 級棕褐色強陽性；PP 可分為 4 級，0 級為 0~5%，1 級為 6%~25%，2 級為 26%~50%，3 級為 51%~75%，4 級為 >75%。IRS 數據越大說明陽性深淺和陽性多少兩方面綜合陽性強度越強，常見於腫瘤組織陽性強度分析。
4. 陽性細胞密度 = 陽性細胞數/待測組織面積。反映單位面積內陽性細胞數量，多用於評價某類細胞在組織中的分布和數量情況。如腫瘤微環境 CD3, CD4, CD8 等陽性淋巴細胞的分布和數量。
5. 平均光密度值 = 累積光密度值 IOD/陽性像素面積。反映陽性信號的平均深淺，用陽性深淺評價陽性強弱。適用於陽性成片且廣泛表達的情況。
